Retrieves number of sequences by location, by date of sample collection. See getSubmissionDateByLocation to view similar information by date of sequence submission.
getSeqCounts(location = NULL, cumulative = NULL, subadmin = NULL)(optional) a location name (if not specified, global total counts returned)
(optional) Boolean (T/F), T returns cumulative number of sequences to date
(optional) Boolean (T/F), subadmin=T and cumulative=T returns cumulative number of sequences for next administrative level
dataframe
# Retrieves the number of samples sequenced in the U.S. each day, by date of sample collection
getSeqCounts(location="United States")
#> Retrieving data...
#> date total_count
#> 1 2020-01-26 3
#> 2 2020-01-27 1
#> 3 2020-01-28 2
#> 4 2020-01-29 4
#> 5 2020-01-31 1
#> 6 2020-02-02 1
#> 7 2020-02-06 1
#> 8 2020-02-08 1
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#> 10 2020-02-11 1
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#> 13 2020-02-20 2
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#> 19 2020-02-26 8
#> 20 2020-02-27 9
#> 21 2020-02-28 27
#> 22 2020-02-29 37
#> 23 2020-03-01 31
#> 24 2020-03-02 66
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#> 106 2020-05-23 181
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#> 335 2021-01-07 2778
#> 336 2021-01-08 2299
#> 337 2021-01-09 2180
#> 338 2021-01-10 1233
#> 339 2021-01-11 3524
#> 340 2021-01-12 3609
#> 341 2021-01-13 3196
#> 342 2021-01-14 3547
#> 343 2021-01-15 4384
#> 344 2021-01-16 2749
#> 345 2021-01-17 1825
#> 346 2021-01-18 3403
#> 347 2021-01-19 4776
#> 348 2021-01-20 3073
#> 349 2021-01-21 2939
#> 350 2021-01-22 2214
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