R/getMutationAcrossLineage.R
getMutationAcrossLineage.RdRetrieve prevalence of a specified mutation across all lineages by location
getMutationAcrossLineage(mutations, location = NULL)a `vector` of mutation(s)
(optional) a location name (if not specified, prevalence globally returned)
dataframe
getMutationAcrossLineage(mutations="S:N501Y", location="United States")
#> Retrieving data...
#> pangolin_lineage lineage_count mutation_count proportion
#> 1 ba.1.1 480978 435232 9.048896e-01
#> 2 ay.103 293980 30 1.020478e-04
#> 3 ay.44 251655 12 4.768433e-05
#> 4 b.1.1.7 236227 225614 9.550729e-01
#> 5 ba.2.12.1 219924 211325 9.609001e-01
#> 6 ay.3 149935 21 1.400607e-04
#> 7 ba.2 141451 131468 9.294243e-01
#> 8 b.1.2 139723 1528 1.093592e-02
#> 9 ay.25 134636 9 6.684691e-05
#> 10 ba.1.15 125359 114366 9.123079e-01
#> 11 ba.1 117651 97741 8.307707e-01
#> 12 ba.5.2.1 105250 105123 9.987933e-01
#> 13 ay.100 83796 9 1.074037e-04
#> 14 ay.25.1 76817 14 1.822513e-04
#> 15 ba.1.1.18 66645 54084 8.115237e-01
#> 16 b.1 58060 564 9.714089e-03
#> 17 b.1.429 49595 24 4.839197e-04
#> 18 ba.5.1 46840 46787 9.988685e-01
#> 19 ba.5.2 46202 46163 9.991559e-01
#> 20 ay.39 43606 1 2.293262e-05
#> 21 b.1.617.2 42979 51 1.186626e-03
#> 22 b.1.526 42378 67 1.581009e-03
#> 23 ba.5.5 39319 39247 9.981688e-01
#> 24 ay.26 37983 2 5.265514e-05
#> 25 ay.119 35328 1 2.830616e-05
#> 26 ba.1.20 32005 29211 9.127011e-01
#> 27 ay.122 28677 5 1.743558e-04
#> 28 ba.2.3 28164 27077 9.614046e-01
#> 29 ba.4.1 26550 26421 9.951412e-01
#> 30 b.1.427 23607 23 9.742873e-04
#> 31 ba.5.6 22535 22503 9.985800e-01
#> 32 ay.20 21175 1 4.722550e-05
#> 33 ba.2.9 21156 20126 9.513140e-01
#> 34 ay.75 21031 2 9.509771e-05
#> 35 ba.4.6 20292 20168 9.938892e-01
#> 36 p.1 19851 19145 9.644350e-01
#> 37 ba.5 19184 19168 9.991660e-01
#> 38 b.1.243 16302 28 1.717581e-03
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#> 44 ba.1.17.2 12747 12018 9.428101e-01
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#> 76 ba.1.1.14 3230 3000 9.287926e-01
#> 77 ba.2.12 3214 3113 9.685750e-01
#> 78 b.1.351 3100 2739 8.835484e-01
#> 79 b.1.575 3094 2 6.464124e-04
#> 80 ay.67 2709 1 3.691399e-04
#> 81 r.1 2601 8 3.075740e-03
#> 82 xb 2529 8 3.163306e-03
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#> 230 c.36 92 2 2.173913e-02
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